Al parecer, su construcción fue ordenada por el conquistador Hernán Cortés (1485-1547), quien no la vio terminada, pues partió a España, para ya no volver, en 1540.
Heredada por su hijo Martín Cortés, segundo marqués de Oaxaca, cuando era un adolescente de 13 años, la hacienda de San Juan Bautista probablemente tampoco lo recibió, puesto que llegó a México en 1563 y partió, prácticamente deportado a España, en 1566.
Casi invisible desde la carretera, el castillo medieval conserva características de lo que fue una hacienda de beneficio de metales. Destaca en ella el ingenioso sistema de conducción de agua, a través de las paredes de la propia construcción: una red o sistema hidráulico intramuros, que servía para conducir el líquido, desde el acueducto principal, hasta los molinos para las piedras, y a los patios con estanques, donde se añadía mercurio a las piedras para extraerles la plata.
Las haciendas de beneficio de metales debían recibir del as minas las piedras con minerales; despedazarlas o triturarlas; extraerles el mineral, en este caso la plata; hacer lingotes con los metales extraídos y sacarlos de la región en caravanas de mulas.
En Nueva España, para moler las piedras había molinos de tracción animal y de agua, de manera que las corrientes naturales eran muy apreciadas en las regiones mineras.
La posición geográfica de Taxco y el Viejo favoreció la instalación de la hacienda para el beneficio de plata, pues la afluencia de agua era abundante. Debido a ello obtuvo el nombre patronal de San Juan Bautista. Entre Taxco el Viejo, llegaron a haber siete haciendas de beneficio de metales. Dice Rivera Cambas, que «Al pie del cerro de Juliantla, dos leguas al oriente de Taxco, en la barranca, existe una abra llamada San Felipe, de la que salía un abundante arroyo que se empleaba como fuerza motriz para las máquinas de siete haciendas de metales»…
Esas haciendas fueron San Francisco Cuadra, el Fraile, Puente de Campuzano, Tenería, Sochula, San Sebastián y el Chorrillo.
En un principio, la plata se extraía utilizando el método de las lumbradas.